• Megjelenés: 2001. - 2002.
• Platform: Game Boy Color
• Helyszín: Johto és Kanto régió
• Új kezdő pokémonok: Chikorita, Totodile, Cyndaquil
• Új legendás pokémonok: Raikoi, Entei, Suicune, Lugia (Silver), Ho-oh (Gold)
• fiú, lány karakter választás* (csak Crystal)
• Új teremvezetők
• Új vad pokémonok
• Mini Game: Bogárfogó verseny
• Új elit-4 + bajnok
• napszakok váltakozása
• berryk megjelenése
• pokéball készíttetés

Sokak szerint a legjobb pokémon játékok, mivel minden megvan benne ami kell: éjjel és nappal váltakozása; bogyók (berry) megjelenése, amivel gyógyíthatunk; különleges pokélabdákat készíthetünk; vadi új pokémonok és helyszínek; új teremvezetők.. és még sorolhatnám.

A Gold és a Silver 2001, a Crystal 2002-ben jelentek meg. Az első kettő csak annyiban különbözik egymástól, hogy más más pokémonok foghatóak el bennük és a legendás pokémon a Gold-ban Ho-Oh, míg a Silverben Lugia, de mindkettő elkapható mindegyik változatban. A Crytsal a két korábbi játék egybeolvasztása és kicsit kibővített változata.

Ezek a játékok már viszonlyag jobbak grafikai szempontból, hiszen Game Boy Color-ra készültek. A legszembetűnőbb az első játszáskor az, hogy végre színes.

A történet ismét ugyan az, mint a korábbi verzióknál: 10 évesek lettünk és elkezdhetjük a pokémon utazásunkat, de immáron a Johto régióban. Rengeteg új lénnyel találkozhatunk és a legendás pokémonok tárháza is bővült: Raikou (villám), Entei (tűz), Suicune (víz). Mini játékként megjelenik benne a bogárfogó verseny, a lottózás, amelyet a PokéGear-on kersztül követhetünk figyelemmel a rádiónkon keresztül. A PokéGear telefonálásra is jó, így elkérhetjük az utunkba eső edzők telefonszámát, akikkel később így újra csatázhatunk ill. ők maguk is ránkcsöröghetnek ha itemet adnának nekünk vagy valamilyen pokémonnal kapcsolatos információt osztanának meg velünk.

Az elit-4 + bajnok legyőzése után megnyílik az út a Kanto régióba is, ahol a Red/Blue/Yellow-ból jól ismert terepet láthatjuk viszont. Itt is megküzdhetünk a teremvezetőkkel.