• Megjelent: 2003./2005
• Platform: Game Boy Advance/ SP
• Helyszín: Hoenn régió
• Új kezdő pokémonok: Treecko (fű), Mudkip (víz), Torchic (tűz)
• Új legendás pokémonok: Groudon (Ruby); Kyogre (Sapphire); Rayquaza, Latios, Latias, Regi-trio.
• fiú, lány karakter
• Új teremvezetők
• Új vad pokémonok
• Mini Game: Pokémon Szépségverseny; Berry Blending
• Új elit-4 + bajnok
• Új ellenfelek: Team Magma, Team Aqua
• PokéNav
• Új feladatok
• 2-2 elleni harcok

2003-ban jelent meg a nagy áttörést hozó Ruby és Sapphire verziók, amelyek már csak és kizárólag Game Boy Advance-re készültek. Grafikailag nagy fejlődésen esett át a játék, de az alap story a megszokott maradt. (Emerald 2005-ben jelent meg.)

Immár a Hoenn régióban vagyunk. A történet azzal kezdődik, hogy éppen akkor költözünk be egy kis falucskába, ahol él egy pokémon professzor, akitől megkapjuk első pokémonunkat. A Hoenn ismét új helyszíneket és pokémonokat tartogat számunkra, köztük kiemelném a 4 új legendást: Latios, Latias, Groudon és Kyogre. A gonosz szerepét is más tölti be itt, akiket Team Magmának hívnak. Egyéb információként még megemlíteném a két új kerékpárfajta megjelenését, a 2-2 elleni csatákat, valamint az uj minijátékokat: Pokémon Szépségverseny és Berry Blending. Az utóbbival Berryket alakíthatunk át eledellé, amiket ha odaadunk pokémonunknak, akkor a szépségversenyes tulajdonságait növelhetjük vele. A szépségverseny több kategóriából áll és a pokémonok támadásait osztályozza a zsűri. Ha megnyerünk egy versenyt, akkor kapunk egy szalagot, amivel továbbjutunk a következő város versenyére.